1、主體之間的不平等
企業、單位相對與勞動者之間存在著不同程序的權利不平等因素。
2、建立關系的合同的表現形式不同
人事爭議與工作人員之間是聘用合同關系，解決的是“事業單位與其工作人員之間因辭職、辭退及履行聘用合同所發生的爭議”;
勞動爭議之間是勞動合同關系，解決的是“因企業開除、除名、辭退職工和職工辭職、自動離職;因執行國家有關工資、保險、福利、培訓、勞動保護的規定;因履行勞動合同發生的爭議以及法律、法規規定應當依照本條例處理的其他勞動爭議?！?br /> 3、國家實現管理職能的主體以及管理關系不同
人事關系是國家人事行政管理機關對國家機關、事業單位以及工作人員之間存在的是一種具有直接利害關系的行政法律關系。
勞動關系是國家勞動行政管理機關監督各類企業執行國家勞動法律法規，從而實現以保護勞動者合法權益為主的一種非直接利害關系的監督關系。國家勞動行政管理機關與、各類企業、勞動者之間不具有直接的行政法律關系。
4、發生爭議的解決機構不同
發生勞動爭議只能到勞動爭議仲裁委申訴。
而事業單位中的人員情形就比企業復雜得多，其中有國家事業單位干部(具有人事編制的人員)、有聘用制干部(有稱合同制干部。社保機構認為，這類干部應當與工人一樣參加養老保險，實質上就是工人，類似于國營企業改革前的以工代干的情形。
但聘用制干部仍是人事部門下達了編制的人員)、有事業單位聘用人員、社會聘用人員、固定工、臨時工等類別，這些人員與事業單位之間的關系由不同的合同關系所聯系，其工資待遇、分配制度也有所不同，這也產生了不同的用人法律關系。

1、勞動爭議解決的是由勞動法律所調整的社會勞動關系。而人事爭議解決的是人事政策文件所調整的社會關系上的部分人事用人及其他關系。在事業單位中存在著內部行政處分爭議，而企業中一般表現為勞動關系，而不表現為企業內部行政關系。
2、建立關系的合同的表現形式不同：人事爭議與工作人員之間是聘用合同關系，解決的是“事業單位與其工作人員之間因辭職、辭退及履行聘用合同所發生的爭議”；勞動爭議之間是勞動合同關系，解決的是“因企業開除、除名、辭退職工和職工辭職、自動離職發生的爭議“；
3、國家實現管理職能的主體以及管理關系不同：人事關系是國家人事行政管理機關對國家機關、事業單位以及工作人員之間存在的是一種具有直接利害關系的行政法律關系。勞動關系是國家勞動行政管理機關監督各類企業執行國家勞動法律法規，從而實現以保護勞動者合法權益為主的一種非直接利害關系的監督關系。國家勞動行政管理機關與、各類企業、勞動者之間不具有直接的行政法律關系。