分公司繳納稅所得稅有兩種方式，一個是在分公司所在地繳納，另一個是由總公司統一匯繳。

1、在分公司所在地繳納

分公司選擇此種繳稅方式，也同一個獨立的法人一樣，實行按季預繳，年底匯算。在每個季度結束的15天內應向稅務機關如實申報并預繳所得稅額，年底結束后5個月內由稅務機關統一匯算，多退少補。

2、匯總回總公司合并繳納

分公司如申請企業所得稅匯總回總公司合并繳納，需經總公司同意并經稅務機關批準，由總公司向稅務機關統一申報納稅。應注意的是，在適用所得稅率方面，如果總公司所在地與分公司所在地的規定不同，在計算納稅額時應注意區分。