適用零申報的公司主要有以下三種：
1、 剛剛成立的新公司
剛剛領取營業執照、還處于籌建期的公司，已經按要求啟用了稅種，但是短時間內沒有進行經營，或開展經營活動但效果不理想，收入和成本均為零，稅務部門允許進行零申報，這也是對創業者的一種鼓勵政策，公司注冊后能有一個緩沖期。
2、 成立后不經營的公司
市場風云變幻，有不少企業成立后因為這樣那樣的原因需要暫停經營，如調整經營策略、重新裝修場地、增添業務人員等等，這段時間公司無盈利。但稅務部門那邊并沒有企業暫停經營的說法，在未注銷的情況下也必須以零申報的方式完成納稅申報。
3、 季節性加工的企業
有些公司因為行業的特殊性需要進行零申報，比如季節性經營公司，只在旺季的時候開業，淡季期間往往完全沒有經營活動，比如磚廠、灰廠、石料廠等等受氣候和環境影響比較大，稅務部門允許這樣的企業進行零申報。