分公司隸屬于總公司，其經營發展必須跟隨總公司。而根據相關規定，含有分公司的企業在申請公司注銷登記時，應當提交分公司的注銷登記證明材料，以此證明分公司已經完成注銷。因此，總公司申請公司注銷時，分公司也要辦理注銷。雖然分公司具有經營資格且具有自己的辦公場所，但在辦理分公司注銷時，是需要提交蓋有總公司公章的《全體投資人承諾書》，除此之外：

1、分公司由總公司依法設立的，主要從事的業務完全由總公司決定，且不能超過總公司的經營范圍；

2、分公司沒有自己的獨立財產，其所有資產歸屬于總公司，由總公司統一核算。

3、分公司不具有獨立法人資格，因此不能獨立承擔民事責任；

4、分公司設立與一般公司不同，不需要經過核名，只需要辦理營業執照登記即可；

5、分公司沒有屬于自己的公司章程，只能使用總公司章程。

由此可知，分公司并不是一個獨立的公司，所有信息都要依附于總公司，總公司注銷后，其營業執照、稅務登記證等相關資料也就失去效益。

因此，并不能只注銷總公司而選擇保留分公司。