1、納稅申報周期不同
     一般納稅人都具有較高的會計核算水平，因此需要按月進行申報，即需在每月的15日前完成企業上月的申報納稅；而小規模納稅人則是以季度為申報周期，將會在每年的1月、4月、7月以及10月的15號前完成對上個季度的納稅申報。
2、計稅方式不同
      根據相關規定，一般納稅人通常采用增值稅一般計稅方式，主要是針對企業的利潤進行征收，其公式為應納稅額=（當期銷售收入-當期進項）*增值稅稅率；而大部分小規模納稅人則是采用簡易計稅方式，則是對企業的銷售額進行征稅，其公式為應納稅額=當期銷售收入*增值稅征收率。
3、稅率不同
      通常來說，一般納稅人適用于增值稅稅率，主要包含16%、10%以及6%，如企業銷售或者進口貨物是按照16%進行征收，像建筑服務、郵政服務、基礎電信服務等是按照10%征收，而像提供教育醫療服務、旅游娛樂服務等，則是按照6%征收。對于小規模納稅人來說，適用增值稅征收率，分別為5%與3%，像小規模納稅人銷售貨物或者加工、修理修配勞務等，則是按照3%進行征收，而像銷售不動產則是按照5%征收。
4、發票不同
      根據相關規定，一般納稅人可開具增值稅專票發票與普票，享受抵扣進項稅的政策優惠；而絕大多數小規模納稅人只能自行開具普票，若想開具專票也只能找稅局代開，且不能享受抵扣政策。