公司注銷的難點主要是以下幾個：
1、 材料不齊不能注銷
想一次性搞定公司注銷手續，材料齊全很關鍵，營業執照、公司印章不能少，公司近三年的賬本、稅盤、發票等財會資料也得備齊。有些老板在日常經營中不注意保管資料導致遺失，需要補齊完整才能注銷。
2、 工商異常不能注銷
有些公司注銷被駁回，是因為在市場監督管理局的經營異常名錄中，根據規定存在工商異常的公司無法直接退市。造成工商異常的原因不少，主要是未按時提交工商年報和異地開展業務活動，需要解除異常才能注銷。
3、 稅務異常不能注銷
公司成立后不經營并長期未進行納稅申報，長期進行零申報，虛假申報或繳稅出現異常等，都有可能被稅務部門列入納稅非正常戶名單，根據規定存在稅務異常情況的公司也無法直接注銷，需要作出整改解除異常狀態才能注銷。